रुद्र वा शिवका अनेकौं नाउँमध्ये ‘पशुपति’ शिवको प्रमुख नाउँ हो ।हिन्दू धर्मका सबै धार्मिक ग्रन्थहरूमा भगवान शिवलाई पशुपतिनाथ भनिएको छ । पशुपतिनाथको मन्दिर एक जीवन्त सम्पदाको रुपमा रहेको छ । जन्म देखि मृत्यु सम्मका संस्कार सम्पन्न गरिने यस पावन स्थलमा वागमती नदीले यसको महिमा अझै बढाएको छ ।
यो मन्दिर यस संसारमा रहेका २७५ पादल पेत्र स्थलम (शिवको पवित्र स्थान) मध्ये एक हो । भगवान शिवले पशुको रुप धारण गरी यस स्थानमा क्रीडा गरेका हुनाले यहाँ शिवलाई पुशपति अर्थात् पशुहरुको स्वामी भनिएको हो ।महाभारतमा भगवान शिवको अस्त्रलाई पाशुपतास्त्र भनेर बर्णन गरिएको छ । महाभारतका पात्र अर्जुनले हिमालय पर्वतमा किराँतरुपी शिवलाई युद्ध गरेर खुसी बनाएकाले पाशुपतास्त्र दिएका थिए ।
पौराणिक कथानुशार महाभारतको युद्वपछी पाण्डवहरूले भगवान कृष्ण र भिष्मसँग युद्वमा आफन्तहरूको मारेकाले गोत्रहत्याको पापबाट मुक्त हुनको लागि के उपाय गर्नु पर्ला भनेर सोधेका थिए ।भगवान शिवको दर्शन गरेपछी गोत्रहत्याको पापबाट मुक्त हुन्छ भन्ने कुरा थाहा पाएपछी पाण्डवहरू शिवजीको दर्शन गर्न हिमालयमा गए । पाण्डवहरू आएको देखेर भगवान शिव भैंसीको रुप धारण गरी भैंसीको बथानमा लुकेका थिए ।
पाण्डवहरूले भैंसीरुपी भगवान शिवलाई चिनेर दर्शन गर्न नजिकै जाँदा भैंसीरुपी शिव जमिन भित्र धासिएका थिए । यसरी शिवजी जमिनमा धासिएपछी भैंसीरुपी शिवको पुछर पाण्डवले स्पर्श गर्दा केदारनाथमा केदारनाथ भगवान प्रकट भए भने भैंसीरुपी शिवको शिर नेपालमा पशुपतिनाथ भगवान प्रकट भएका थिए ।
यसरी पाण्डवहरूले पशुरुरी शिवको पुछर स्पर्श गरेर गोत्रहत्यको पापबाट मुक्त भएका थिए । यसरी पशुको रुप लिएर प्रकट भएको हुनाले भगवान शिवलाई पशुपतिनाथ भनिन थालिएको हो ।एक अर्को कथाका अनुशार भगवान शिवले मृगको रुप धारण गरी श्लेष्मान्तक वनमा पार्वतीको साथमा विहार गरेका थिए । यसैले भगवान यहाँ भगवान शिवलाई पशुपतिनाथ भनिएको हो ।